Hovedforskere: Charalampos Tzoulis, Inge Jonassen, Kristoffer Haugarvoll

Vi er for tiden i ferd med å etablere ParkOme-databasen, et flerdimensjonalt molekylært atlas for PS med enestående oppløsning. Vi kartlegger det molekylære landskapet til PS i nøkkelregioner i ferskfrosne post mortem-hjerner (n> 1000). I hver av vevsprøvene oppretter vi et flerlags molekylkart som kombinerer genomet, DNA-metylering, utvalgte histonmodifikasjoner, kromatin-tilgjengelighet, transkriptom og proteom. For å redusere konfunderen av cellulær heterogenitet, gjennomfører vi flere studier i enkeltceller ved hjelp av en dobbel strategi: 1) enkeltcelleanalyser med høy gjennomstrømning ved hjelp av vår 10X Genomics-plattform. 2) patologiledede encellede transkriptom for å belyse den selektive nevronale sårbarheten for PS-assosiert patologi som alpha-Synuclein-aggregering eller dynfunksjon i mitokondrie eller lysosom.

Prosjektet ParkOme skal bruke en kombinasjon av kraftige beregningsanalyser som både er overvåkede og uten tilsyn (inkludert kunstig intelligens). Molekylære signaturer som definerer PS og underklassene til sykdommen skal identifiseres og oversettes til: 1) sykdomsmodeller som rekapitulerer underklasser av menneskelig sykdom. Disse underklassene skal utvikles og karakteriseres i arbeidsflyten til cellemodellen vår (avsnitt 2.4), 2) presisjonsbiomarkører for pasientstratifisering i klinisk praksis og 3) terapeutiske mål skreddersydd til pasientens molekylære profil. Biomarkører og terapier fra dette arbeidet, skal være grunnlaget for kliniske studier ved Neuro-SysMed. ParkOme-dataanalysene blir utført av bioinformatikk-enheten til Tzoulis-gruppen i samarbeid med Prof. Inge Jonassen og dr. Kjell Petersen ved beregningsbiologienheten (CBU) ved UiB og Microsoft.

Meny
Vi bruker informasjonskapsler for å kunne gi deg den beste brukeropplevelsen. Ved å bla videre på siden aksepterer du at slik informasjon benyttes.
Aksepter